1. It was here a little while ago on the table. - Estava aqui a pouco em cima da mesa.
2. Now I see it. - Agora o vejo.
3. It was under the table/the papers. - Estava de baixo da mesa/dos papais. (by-show)
4. It was under the notes (annotations). - Estava de baixo das anotaçãos. (sounds like a-no-ta-soyce with a very nasal sound)
5. The notes were around here next to your book. - As anotaçãos estavam por aqui do lado do seu livro.
6. Are those notes over there on the table under the glass of water yours? - Aquelas anotaçãos lá em cima da mesa de baixo da copo de agua são as suas?
7. That is my pen over there under the table. - Aquela é a minha caneta lá de baixo da mesa.
8. Are those letters over there yours? - Aquelas cartas lá são as suas?
9. My notes are ready. - As minhas anotaçãos estão prontas.

Esta/e means this right here, essa/e means that right there, and aquela/e means that over there.

Nesta/e means in this right here, nessa/e means in that there, and naquela/e means in that over there.